CodonForge 以生成式與組合式 AI 的一體迴圈，從蛋白質序列直接設計可製造的 mRNA。以下依產品化程度說明各模組：生產就緒、持續深化，以及需以客製化專案提供的項目。
| 模組 | 能力描述 | 產品化程度 | 說明 |
|---|---|---|---|
| 生成式 CDS Transformer |
深度生成模型產生高品質、貼近人體 mRNA 統計的編碼序列，受限解碼確保解回目標蛋白質。 | ● 持續深化 | 獨立 test top-1 47.38%；目前正式預設為表現略佳的 Markov。 |
| 生成式 CDS Markov |
快速多樣化生成，並支援以貴方經實驗驗證的序列進行客製調校。 | ● 生產就緒 | 兼作快速／對照生成端。 |
| 5'/3' UTR 語言模型 | 生成貼近人類 5'/3' UTR 風格的調控區，提升整體設計可信度。 | ● 生產就緒 | 以人類 UTR 統計為基礎。 |
| 組合式優化閉合 | 在保持蛋白質序列不變的前提下，同步最適化結構穩定度與密碼子使用。 | ● 生產就緒 | 對應 LinearDesign 概念的獨立實作，技術乾淨。 |
| 結構穩定預測 | 多層次自由能模型（Turner 最鄰近家族）評估並引導設計的結構穩定度。 | ● 生產就緒 | 自寫熱力學引擎，支援大尺度設計。 |
| CAI／密碼子偏好 | 對齊人類密碼子使用頻率，優化翻譯效率指標。 | ● 生產就緒 | 標準且可解釋。 |
| UTR 設計評分 自然度與 Kozak |
結合人類 UTR 序列統計與 Kozak 起始上下文，提供候選設計的相對評分。 | ● 持續深化 | 以一致的 0–1 序列評分，支援同條件候選比較與設計探索。 |
| 安全性分析 | 免疫原型感測、隱蔽剪接、替代 ORF、同聚物等風險掃描，降低開發風險。 | ● 生產就緒 | 基於公開生物學知識的全面性檢查。 |
| 製造就緒產製 | 輸出 5'cap、poly(A) 與 IVT 用 DNA 模板，並自動避開限制酶、長片段、同聚物與極端 GC 等製造瓶頸。 | ● 生產就緒 | 讓序列「一次就送得進 IVT」。 |
| 蛋白質變異探索 | 在參考序列鄰域探索有限變異，尋找更穩、更適合的候選設計。 | ● 生產就緒 | 以保守性約束兼顧功能。 |
| LNP／遞送最佳化 | 脂質奈米顆粒（LNP）配方與遞送效率的最佳化與預測。 | ○ 客製化 | 依專案提供客製化的配方最佳化與驗證。 |
| mRNA 功能預測 | 分析 RNA 二級結構，並於指定細胞與測定情境探索實驗資料訓練的功能模型。 | ● 持續深化 | HEK293T TE 殘差獨立呈現；可從交付設計轉入。 |
| 全序列核糖體負載比較 | 完整 5′UTR＋CDS＋3′UTR 的 HepG2 MRL 與 HEK293T polysome 指標，可直接帶入最終設計進行比較。 | ● 持續深化 | 依量尺與輸入情境分組比較；IVT 提供探索性參考，獨立呈現並可匯出。 |
| 濕實驗驗證 | 最終表達與遞送效果的實證確認。 | ○ 客製化 | 需客製化：以專案方式由合作實驗室完成量測。 |