產品能力矩陣 · Capability Matrix

各模組做到什麼程度

CodonForge 以生成式與組合式 AI 的一體迴圈，從蛋白質序列直接設計可製造的 mRNA。以下依產品化程度說明各模組：生產就緒、持續深化，以及需以客製化專案提供的項目。

● 生產就緒引擎內完成並全面開放，可即刻呼叫 ● 持續深化已可使用，透過更多結構化資料持續提升精準度 ○ 客製化以專案／合作方式提供，依貴方需求與樣本進行

模組	能力描述	產品化程度	說明
生成式 CDS Transformer	深度生成模型產生高品質、貼近人體 mRNA 統計的編碼序列，受限解碼確保解回目標蛋白質。	● 生產就緒	自訓模型，CPU/GPU 皆可，設計能力完整開放。
生成式 CDS Markov	快速多樣化生成，並支援以貴方經實驗驗證的序列進行客製調校。	● 生產就緒	兼作快速／對照生成端。
5'/3' UTR 語言模型	生成貼近人類 5'/3' UTR 風格的調控區，提升整體設計可信度。	● 生產就緒	以人類 UTR 統計為基礎。
組合式優化閉合	在保持蛋白質序列不變的前提下，同步最適化結構穩定度與密碼子使用。	● 生產就緒	對應 LinearDesign 概念的獨立實作，技術乾淨。
結構穩定預測	多層次自由能模型（Turner 最鄰近家族）評估並引導設計的結構穩定度。	● 生產就緒	自寫熱力學引擎，支援大尺度設計。
CAI／密碼子偏好	對齊人類密碼子使用頻率，優化翻譯效率指標。	● 生產就緒	標準且可解釋。
表達預測 LearnedExpressionModel	以 AI 預測相對表達傾向，作為設計評分的關鍵依據。	● 持續深化	由模型代理標籤驅動，並以真實量測資料持續校準、提升精準度。
安全性分析	免疫原型感測、隱蔽剪接、替代 ORF、同聚物等風險掃描，降低開發風險。	● 生產就緒	基於公開生物學知識的全面性檢查。
製造就緒產製	輸出 5'cap、poly(A) 與 IVT 用 DNA 模板，並自動避開限制酶、長片段、同聚物與極端 GC 等製造瓶頸。	● 生產就緒	讓序列「一次就送得進 IVT」。
蛋白質變異探索	在參考序列鄰域探索有限變異，尋找更穩、更適合的候選設計。	● 生產就緒	以保守性約束兼顧功能。
LNP／遞送最佳化	脂質奈米顆粒（LNP）配方與遞送效率的最佳化與預測。	○ 客製化	依專案提供客製化的配方最佳化與驗證。
濕實驗驗證	最終表達與遞送效果的實證確認。	○ 客製化	需客製化：以專案方式由合作實驗室完成量測。

怎麼看這張表： 「生產就緒」＝引擎內完成、全面開放、可立即呼叫；「持續深化」＝已可使用並持續以更多資料強化；「客製化」＝以專案／合作方式，依貴方需求與樣本進行。所有計算結果皆以實際量測作最終確認。CodonForge 旨在加速 mRNA 序列設計與開發流程。